A Fundação, instituída por Maria Isabel Guerra Junqueiro de Mesquita Carvalho, abriu ao público no ano de 2000.

O Museu homenageia a inovadora personalidade multifacetada do poeta Guerra Junqueiro (1850 – 1923) e rememora sua filha Maria Isabel e seu genro. Pretende ser o museu das ideias e gostos de uma família.

No piso térreo, a Biblioteca de Guerra Junqueiro completamente recenseada e catalogada informaticamente, graças à ajuda da Fundação Calouste Gulbenkian, pode-se ainda visitar a Sala da Doadora, a Sala de Jantar (onde se procurou reconstituir a do casal), o Escritório do Poeta (reconstrução fiel daquele onde ele escreveu e leu) propondo-se desvendá-los ao visitante.

O piso superior abre-se por um expositor de louça colorida de Puente del Arzobispo. Continua com a Sala de Faiança Portuguesa (onde se expõe parte da rica coleção dos séc, XVIII e XIX), a Sala de Pintura Antiga onde se destaca Jerónimo Bosch e alguns primitivos catalães e ainda Sala Poente (laços entre Delft, louça Ming, vidro, mobiliário arcaico e outras artes) Sala dos Cisnes e a Sala Império ambientes evocadores dos séc. XVIII e XIX.

A Fundação tem ainda um Auditório, onde é projetado em formato panorâmico e acompanhado por efeitos sonoros quadrifónicos a História do Porto, visualizadas com óculos 3D em cinco línguas: português; inglês; alemão; castelhano e francês.